Kętrzyn leży na ziemiach plemienia Bartów. Najazdy krzyżackie doprowadziły do spalenia istniejących grodów, a mieszkańców, którzy przyjęli chrzest, przesiedlano. Pozostałą ludność mordowano, wsie i grody palono. Dopiero w 1329 zbudowano strażnicę krzyżacką na zgliszczach grodu o pruskiej nazwie Rast. W pobliżu już w 1330 rozpoczęto budowę kościoła św. Katarzyny (rozebrany w XIX wieku). Walki z wojskami litewskimi dowodzonymi przez książąt Olgierda i Kiejstuta, doprowadziły do zniszczenia strażnicy w 1345 r. Zakon krzyżacki już w 1350 zdołał odbudować osadę, rozpoczął budowę murów obronnych.
Pomnik Wojciecha Kętrzyńskiego
Prawa miejskie zostały nadanie w dniu 11 listopada 1357 przez Henninga Schindekopfa przez lokację na prawie chełmińskim. Wójtem-zasadźcą został Henryk Padeluche. W obrysie murów od strony południowej wybudowano warowny kościół św. Jerzego i zamek krzyżacki. Miasta bronić miało 13 baszt, w murach zbudowano dwie bramy: Wysoką, Młyńską i furtę Wodną. W czasie funkcjonowania państwa krzyżackiego, Kętrzyn (niem. Rastenburg, pol. Rastembork) był siedzibą prokuratora. W historii Rastenburga było ok. 40 prokuratorów, z których dwóch pełniło później funkcję wielkiego mistrza krzyżackiego. Po bitwie grunwaldzkiej prokuratorzy rastenburscy podlegali bezpośrednio wielkim mistrzom krzyżackim i posiadali uprawnienia komturów w zakresie lokacji wsi. Mieszczanie buntując się przeciwko rządom zakonnym w 1440 r. przystąpili do Związku Pruskiego. Posłuszeństwo wielkiemu mistrzowi zostało wypowiedziane w 1454, mieszczanie opanowali zamek, prokurator zakonny Wolfgang Sauer został uwięziony, a kilka dni później (17 lutego) utopiony w pobliskim Stawie Młyńskim. Sprawa ta została nagłośniona przez Krzyżaków, jako jeden z argumentów za delegalizacją Związku Pruskiego. Na mocy rokowań polsko-krzyżackich wielki mistrz zgodził się na amnestię dla mieszczan pod warunkiem poddania grodu ponownie władzy krzyżackiej. Po wojnie trzynastoletniej Kętrzyn pozostał w granicach Prus Zakonnych. Dopiero po utworzeniu w 1525 r. Prus Książęcych nastąpił szybki rozwój miasta, zahamowany wojną ze Szwecją. W dniach 20-21 czerwca 1807 roku w mieście ze swoją dywizją poznańską stacjonował gen. Jan Henryk Dąbrowski.
W okresie II wojny światowej w gierłoskim lesie nieopodal miasta pobudowano kwaterę Hitlera – Wilczy Szaniec. Bombardowanie w 1942 i walki w 1945 doprowadziły do bardzo poważnych zniszczeń miasta. Zamek i zabudowa staromiejska miasta zostały spalone przez żołnierzy Armii Czerwonej (zniszczeniu uległo ok. 40 proc. miasta)[4].
W 1946 miejscowość została włączona do nowo powstałego województwa olsztyńskiego na terenie powojennej Polski. Niemieckojęzyczna ludność miasta została wysiedlona do Niemiec. Początkowo miasto nosiło historyczną nazwę Rastembork[5], ale rozważano także nazwę Raściborz i Raścibórz[6], ostatecznie jednak 7 maja 1946 roku nadano miastu nową nazwę Kętrzyn od nazwiska Wojciecha Kętrzyńskiego[4], historyka z XIX wieku walczącego z germanizacją Mazur. Po wojnie siedziba gminy Biedaszki[7].
W latach 1975–1998 miasto administracyjnie należało do województwa olsztyńskiego. 25.04.2016